关于清理杨玄感余孽，杨广给专案组的诏令非常明确：从者一个不留，全部诛杀；不从者褒奖。
专案组长樊子盖年纪较大，属于上辈老臣。
樊子盖出生于南朝陈国。祖父樊道则做过越州（广西合浦）刺史。侯景之乱时，其父樊儒率全家投奔北齐。樊儒做过仁州（安徽宿州）刺史。
樊子盖在北齐步入仕途，先后做过慎县令～东汝郡太守～员外散骑常侍。
北周灭北齐、统一北方时，樊子盖顺应大势投靠北齐，入了周武帝宇文邕法眼，被授仪同三司、郢州（武汉江夏）刺史。
隋文帝时期，樊子盖任枞阳（安徽铜陵）太守，受扬州总管杨广管辖，率军随杨广平陈，立下战功，加从三品上开府，先后担任辰州、嵩州刺史。后升循州（广东惠州）总管，镇守岭南南部10年，亲手绘制岭南详细地理图志。
杨广即位后，樊子盖献岭南地图，受到褒奖，授银青光禄大夫，先后转任凉州刺史、武威太守。
609年，杨广西北巡视吐谷浑时，召回樊子盖，授其右光禄大夫，升右武卫将军。
612年，民部尚书李子雄失宠，樊子盖接任民部尚书。
613年，杨广二次亲征高句丽，樊子盖被赋予重任，担任首都洛阳留守，辅佐越王杨侗。
历史评述樊子盖人生轨迹和特点，用两个词：大局观准确、忠诚残酷。
大局观准确是指樊子盖由南朝～北齐～北周～隋朝，总是踩准历史步伐。忠诚残酷则是说他对每一位新主子的指令都无条件执行，且不择手段。
忠诚残酷，杨广选樊子盖担任杨玄感叛乱专案组长，就是看中他这点。
至于副组长裴蕴，身为御史大夫（总检察长），查办大案要案是他的职责所在，义不容辞。
另外两人：骨仪，刑部侍郎（公安部副部长）。刑部尚书卫玄在守大兴城，骨仪加入专案组是必须的。
郑善果，大理寺卿（高院院长），专案组怎能少了这个角色。
……
随着朝廷平叛大军推进，杨玄感叛军全部土崩瓦解，被列入专案组名册的钦犯也一个个被捉拿归案：
杨玄感委任的三个刺史：唐祎主动脱离叛军、向樊子盖投降，得到赦免，回长安城养老。
赵怀义、元务本，与韦福嗣一同被抓，押送东都洛阳问斩。
洛阳城里投奔叛军的勋贵子弟们：杨雄之子杨恭道、韩擒虎之子韩世谔、虞世基之子虞柔、来护儿之子来渊、裴蕴之子裴爽、郑善果之子郑俨、周罗睺之子周仲。——全部处决，本家抄没。但不牵连其家族。
也就是说，杨广暂时放了这些人的家长一马。
因为牵扯面太广了！要是都顺藤摸瓜算账，朝廷可能得关门大吉。
比如，牵涉其中的虞世基、裴蕴是杨广身边高级幕僚；来护儿是水师总督、东征暨平叛军主力将领；郑善果身为大理寺卿，是清理叛乱专案组主要成员。
……
专案组查清了一件事：杨玄感起事前，要挟黎阳督运使部监军游元加入，后者宁死不从、被杨玄感杀害。
皇帝杨广下诏：
追赠游元三品银青光禄大夫；赐缣500匹；录用其子游仁宗为正四品正议大夫，授弋阳郡副守（六品）实缺。
此外，还有一人因不从杨玄感（或党羽）而受皇帝嘉奖：
义阳郡丞周旋玉，不但不从义阳太守杨玄奖，反而调兵剿杀了后者。
杨广下诏升周旋玉为义阳太守。