除了考选儒臣编撰经义教材之外，对于史学教材，朱载坖也是极为重视的，之前由于大明科举的限制，读书人主要埋头于科举，对于史学并不重视，但是朱载坖对于史学是极为重视的，因为史学最大的作用就是价值导向的问题，为什么历朝历代都要提倡孝，一个很重要的原因就是求忠臣于孝子之门。
对于皇帝而言，一个连自己父母都不孝顺的人，怎么可能指望他为朝廷、皇帝尽忠呢？这点是肯定的，而史学的重要作用就在于此，对于皇帝来说，史学就是价值取向，就是标杆，是关系到学风士风的大事，所以朱载坖才对于此事极为重视。
重臣们自然也是很清楚此事的，连太子之前都要求立即编撰史学教材，对于这点，重臣们的态度是一致的，但是对于史学教材的编撰，还是一些问题必须要解决的，大明的本朝史的问题，在之前朱载坖就已经予以解决了，但是对于本朝正统性的问题，现在是存在着一些争议的。
在本朝刚刚建立的时候，太祖皇帝为了笼络北方的士绅地主们，采取的是承认蒙元的正统性的态度，太祖自己都曾经讲过：“朕本农家，乐生于有元之世。”
对于从宋到元然后到大明的政权更替，太祖皇帝所采取的说法是天命转移说，按照太祖皇帝的说法：“昔在赵宋，君主天下，立纲陈纪，黎庶奠安，逮至末年，权纲解纽，故元太祖兴于朔方，世祖入统中国，此皆天道，非人力所能强为也。昔中国大宋皇帝主天下三百一十余年，后其子孙不能敬天爱民，故天生元朝太祖皇帝，起于漠北，凡达达、回回、诸番君长尽平定之，太祖之孙以仁德着称，为世祖皇帝，混一天下，九夷八蛮、海外番国归于一统，百年之间，其恩德孰不思慕，号令孰不畏惧，是时四方无虞，民康物阜。”
按照这个理论，就是赵宋不能够体察天命，所以老天爷就派元太祖忽必烈建立元朝来救天下苍生取代赵宋，也就是所谓的天命转移，这是同样的道理，所以按照这个道理，对于元的灭亡和本朝的建立，太祖也做了解释：“元起朔方，世祖始有中夏，乘气运之，盛理自当兴，彼气运既去，理固当衰，其成其败，俱系于天。其祖宗有德，天命入主中国，将及百年，今其子孙怠荒，罔恤民艰，天厌弃之。”
这也就是宋元交替的翻版，原本天命在孛儿只斤氏，但是因为元世祖忽必烈的子孙不好好的治理国家，让百姓生活很困苦，所以老天爷就抛弃了元朝，这时候老天爷就派朱元璋建立明朝来救天下苍生取代元朝。也就是天命从孛儿只斤氏转移到了朱氏上来了。
为了说明此事，太祖皇帝还说了很多，在实录中，太祖皇帝说道：“昔者，朕被妖人（红巾军）逼起山野，朕本淮右布衣，暴兵（红巾）忽至，误入其中。”
证明自己并非主动反抗，而是天命在身，实不能违，同时对于当时那些起兵反抗暴元的人，太祖皇帝也予以了抨击，他说道：“元纲不振乎彼世祖之法，豪杰何有乎仁良？”
太祖的天命转移说，其实总结起来就是，宋朝干的不好，元朝来取代，元朝干的不好，大明来取代，这完全是天意不可违。太祖皇帝还予以了解释：“朕本元民，天下之乱，实非朕始。”
这个说法是有很深的政治意味的，在太祖皇帝征讨元朝的时候，对于元是予以了极为强烈的批判的，他在诏书中说道：“自古帝王临御天下，皆中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国而制天下也。盖我中国之民，天必命我中国之人以安之，夷狄何得而治哉！”
这似乎是矛盾的，太祖一方面对于蒙元进行的严厉的批判，另一方面却又承认蒙元入主中原是天命，这似乎是有些自相矛盾，但是实际上也正是太祖的政治智慧所在，在夺取天下和天下初定的时候，太祖皇帝自然是要以驱逐胡虏作为自己的口号，团结所有的汉人，对抗蒙古人。
所以在这个阶段，太祖皇帝是对于蒙古人以及蒙元政权予以强烈抨击，在诏书中，太祖皇帝说道：“自胡元入主中国,夷狄腥膻,污染华夏,学校废驰,人纪荡然。加以兵乱以来,人习斗争,鲜知礼义。今朕一统天下,复我中国先王之治,宜大振华风,以兴治教。胡元入主中国，蔑弃礼义，彝伦攸斁，天实厌之，以丧其师。朕率中土之士，奉天逐胡，以安中夏，以复先王之旧。虽起自布衣，实承古先帝王之统。”
但是等到安定下来了之后，太祖皇帝很清楚，对于元的正统性还是要予以承认的，因为当时的北方胡化极为严重，自朱温灭唐以来，辽、金、元三代都是异族，尤其是金、元，他们占据北方的时间长，影响大，使得北方的胡化极为严重，北方的百姓说胡语，用胡名，叫什么伯颜、脱脱的极为常见，甚至继承胡人收继婚等败坏人伦之事。
更加重要的是，北方的士绅们是认同蒙元的，而太祖建立本朝是需要以士绅阶层为基础进行统治，那么就要承认士绅阶层的利益和保护其利益，更重要的是北方士绅阶层认为“中国而用夷礼则夷之，夷而进于中国则中国之”，如果朱元璋否定元朝的合法性那就等于否定北方的士绅阶层，那么北方的士绅阶层成了啥了？
如果在这个时候仍然坚持国初那一套说法，会使得大明的统治不稳的，所以在立国之后，太祖皇帝反而承认了蒙元的天命，认为本朝取代蒙元是天命的转移，对于北方的士绅阶层加以笼络，同时逐渐的去除其胡风，恢复华夏风俗伦理，而后代君王更是将华夷之辩看的极为重要的。